रदरफोर्ड मॉडल में, मूल अवस्था में, इलैक्ट्रान स्थिर साम्यावस्था में होता है। जबकि थॉमसन मॉडल में, इलैक्ट्रॉन सदैव एक परिणामी बल का अनुभव करता है।

रदरफोर्ड मॉडल में, किसी परमाणु में द्रव्यमान वितरण लगभग संतत होता है, जबकि थॉमसन मॉडल में द्रव्यमान वितरण बहुत ही ज्यादा अनियमित होता है।

रदरफोर्ड मॉडल के अनुसार, संस्थापित (क्लासिकल-शास्त्रीय) परमाणु अंततः समाप्त हो जाता है।

रदरफोर्ड मॉडल में, परमाणु का धन आवेशित भाग ही मुख्यतः द्रव्यमान को निहित रखता है, जबकि थॉमसन मॉडल में ऐसा नहीं होता।